Los únicos restos de San Francisco que se conservan en su original ubicación son el ábside principal y uno de los laterales (el de la Epístola), ya que el del lado del Evangelio fue cedido a los Franciscanos de la Tercera Orden (Capuchinos) para la construcción de su actual capilla.
Como puede verse, el edificio más importante del convento era la iglesia. Lo describe Villar y Macías: "El templo ojival era de los mayores de Salamanca, formado por tres largas naves de seis bóvedas cada una, de crucería; cubrían en gran parte los muros, nichos y arcos apuntados, varios de ellos con calados colgadizos, pináculos y cresterías de la última época del gótico".
Gómez Moreno escribió que por su parte exterior era de buena sillería con contrafuertes escalonados y alero de canecillos o modillones con cabezas de hombres y de animales.
El crucero sobresalía con respecto a la anchura de la cabecera, y estaba separado del presbiterio por una escalinata y una reja.
Dos hileras de cinco pilares de núcleo cruciforme al que se entregan tres haces de semicolumnas en cada uno de sus frentes, sostenían las bóvedas antes comentadas.
Completa la descripción del templo su portada, descrita por varios autores y de la que se conserva un grabado de Cabracán. Cuadrado, que cuenta haberla visto en su primer viaje a Salamanca, la describe como "renacentista en su primer cuerpo, con su arco artesonado en el centro y sus nichos laterales en los entrepaños de la columnas corintias, cuya elegancia deslucían algún tanto las virtudes teologales mal esculpidas en las enjutas y el barroquismo del segundo cuerpo". Resulta extraño que la catalogue como renacentista, pues en el contrato de la obra se establece que dicha portada se hará toda ella según la traza presentada por el maestro de cantería Juan Moreno (“uno de los artistas más interesantes de nuestro Barroco" según Jaime Pinilla) y que tendrá que estar acabada para fines de abril de 1617. Tanto el autor como la fecha, parecen desdecir el estilo señalado por Cuadrado. En cuanto a la ubicación de dicha portada el mismo autor nos dice que estaba a los pies de la iglesia. Este dato, creo que sí se corresponde con el emplazamiento que se deduce del contrato de obra, pues en él se indica "que por la parte de la Lonja ha de quedar la entrada a nivel con la iglesia haciendo las gradas necesarias"
En lo que se refiere a su historia , decir que comenzó su construcción después de que en 1340 se derribase la Parroquia de San Simón, la cual estaba en el lugar que aún hoy ocupa el ábside central y el crucero.
Un siglo mas tarde se realizaron obras en una capilla y en el presbiterio por hallarse sus muros en ruinas. Puede que en esta reforma se realizara la construcción de las bóvedas en sustitución de la techumbre de madera que solían tener las iglesias franciscanas de los primeros tiempos.
Entre 1570 y 1573 se levantó el Altar Mayor de la iglesia con su escalera. Al hacerlo se cegaron las tres ventanas del ábside central. Éste es el altar barroco que vemos en la actualidad.
La fachada principal, como ya vimos, se levantó entre 1616 y 1617 y fue obra de Juan Moreno.
Durante la Guerra de la Independencia, el asedio al fortín de San Vicente le ocasionó graves daños que aumentaron con la explosión del Polvorín de la calle de la Sierpe. A ellos hay que añadir las trágicas consecuencias que tuvo para los conventos la Desamortización.
